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Wir wurden nach unserer Umstellung auf FPM für PHP mehrfach gefragt, wie wir es gemacht haben, dass Einstellungen in .htaccess-Dateien wie php_value nicht zu einem 500er Fehler führen.

Ganz einfach: Über ein selbst geschriebenes mod_dummy_php-Apache-Modul, das die Anweisungen für sich reklamiert, aber eben ignoriert:

static const command_rec directives[] =
{
    AP_INIT_TAKE2("php_value", null_action, NULL, OR_OPTIONS, "Dummy for php_value"),
    AP_INIT_TAKE2("php_flag",  null_action, NULL, OR_OPTIONS, "Dummy for php_flag"),
    { NULL }
};

So einfach kann es sein.